Crédit d'impôt innovation et logiciel : ce qui est vraiment éligible en 2026

Un projet logiciel peut ouvrir droit au crédit d'impôt innovation (CII), à 20 % des dépenses en métropole, s'il s'agit de concevoir le prototype d'un produit nouveau sur son marché, plus performant que l'offre existante. Il peut ouvrir droit au crédit d'impôt recherche (CIR), à 30 %, s'il bute sur une incertitude technique réelle et la traite avec une démarche de recherche documentée. Dans les deux cas, développer une application, même complexe, ne suffit pas. Une application interne ou une production sur mesure pour un client n'est en principe éligible à aucun des deux.

Cet article fait le point au 7 novembre 2026, à partir des textes et de la doctrine officiels. Il ne remplace pas l'avis de votre expert-comptable ou d'un avocat fiscaliste, indispensable avant d'intégrer un crédit d'impôt à un plan de financement.

Les sources officielles, et leur date

• l'article 244 quater B du code général des impôts, dans sa version en vigueur depuis le 1^er janvier 2026, modifiée par la loi n° 2026-103 du 19 février 2026 de finances pour 2026 ;
• la doctrine fiscale du BOFiP sur le CII, BOI-BIC-RICI-10-10-45, publiée le 13 août 2025 ;
• le guide du CIR 2025 du ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, qui consacre une section à l'informatique et une annexe au CII ;
• les fiches de service-public.gouv.fr sur le CII (vérifiée le 20 février 2026) et le CIR.

Beaucoup de pages en ligne affichent encore un CII à 30 % : c'était le taux avant le 1^er janvier 2025. La loi de finances pour 2025 l'a ramené à 20 % et a prolongé le dispositif jusqu'au 31 décembre 2027.

CII et CIR, côte à côte

La PME au sens européen compte moins de 250 salariés, avec un chiffre d'affaires d'au plus 50 M€ ou un total de bilan d'au plus 43 M€. Si l'entreprise appartient à un groupe ou a des investisseurs détenant au moins 25 % de son capital, leurs effectifs et chiffres s'ajoutent en partie : le guide du CIR détaille ce calcul.

Le CII appliqué à un logiciel

La condition décisive : un produit nouveau sur son marché

L'article 244 quater B et le BOFiP définissent le nouveau produit comme un bien corporel ou incorporel, ce qui inclut un logiciel, qui remplit deux conditions :

1. il n'est pas encore mis sur le marché ;
2. il se distingue des produits existants par des performances supérieures sur le plan technique, de l'éco-conception, de l'ergonomie ou des fonctionnalités.

Le guide du CIR précise comment l'administration lit ces conditions :

• la nouveauté s'apprécie par rapport au marché, pas par rapport à l'entreprise. Un produit déjà proposé par d'autres acteurs du même environnement concurrentiel n'est pas nouveau ;
• la comparaison se fait avec l'offre existante à la date du début des travaux ;
• l'amélioration doit être sensible ;
• la production personnalisée ou sur mesure, les ajouts et mises à jour mineurs ne conduisent pas à des produits nouveaux ;
• seules les innovations de produit sont visées. Lorsqu'une innovation de produit est incluse dans une innovation de service, seule la partie produit est éligible.

Ce dernier point compte pour un SaaS : le logiciel peut constituer le produit nouveau, mais l'organisation du service, le support ou le modèle commercial n'entrent pas dans l'assiette.

Ce qui peut compter, ce qui ne compte pas

La phase éligible : la conception du prototype

Le CII finance la conception du prototype, pas sa production ni sa commercialisation. Les activités retenues sont la conception, la configuration et l'ingénierie, les essais et l'évaluation, et l'acquisition d'un savoir ou d'une technologie pour réaliser ce prototype. Les études de marché, la formation, le marketing et l'achat de produits concurrents en sont exclus.

Pour un logiciel, à notre lecture des textes, la frontière se place en général à la mise sur le marché de la première version commerciale : faites confirmer ce point pour votre projet. Les travaux postérieurs sur un produit déjà vendu ne sont plus la conception d'un produit « pas encore mis sur le marché », sauf s'ils portent sur un nouveau produit distinct.

Les dépenses retenues

D'après l'article 244 quater B (k du II) et l'annexe du guide du CIR :

• les dépenses de personnel directement et exclusivement affecté à la conception du prototype : il faut pouvoir justifier le temps passé ;
• les dotations aux amortissements des immobilisations affectées directement à ces opérations ;
• les frais de brevets, dessins et modèles liés à ces opérations ;
• les travaux confiés à des entreprises ou bureaux d'études et d'ingénierie agréés.

Le guide précise que le forfait de frais de fonctionnement a disparu du CII après le millésime 2022. Toutes ces dépenses sont plafonnées à 400 000 € par an, une seule fois quel que soit le nombre de prototypes, et les subventions publiques reçues pour ces travaux en sont déduites.

Exemple de calcul, fictif : une PME de métropole affecte deux développeurs, pour un coût chargé total de 150 000 €, à la conception d'un logiciel éligible pendant l'année. Elle déclare 150 000 € de dépenses, et son CII vaut 20 % de cette somme, soit 30 000 €, sous réserve qu'aucune subvention ne soit venue financer ces mêmes travaux.

Le prestataire doit être agréé

C'est le point le plus souvent découvert trop tard. La facture d'une agence, d'un studio ou d'un freelance n'entre dans le CII que si le prestataire dispose d'un agrément CII, géré au niveau national par la DRIEETS d'Île-de-France selon le guide. Avant de signer, demandez la décision d'agrément, son périmètre et sa période de validité. Sans agrément, seules vos propres dépenses internes (personnel, amortissements) peuvent compter.

Notre article sur le financement du développement d'une application replace le CII parmi les autres options : subventions, prêts, abonnement.

Le CIR appliqué à un logiciel

Le CIR est plus généreux, et plus exigeant. Le guide du CIR 2025 rappelle que les travaux de recherche en informatique doivent partir d'un problème sans solution évidente dans l'état de l'art, et suivre une démarche documentée. Il est explicite : « le seul développement d'un logiciel ou d'une application ou d'une nouvelle fonctionnalité dans un logiciel existant, sans démarche explicite de recherche, n'est pas éligible ».

Le même guide énumère des pièges utiles à connaître :

• la nouveauté n'est pas la recherche : tout logiciel est unique, mais seule la résolution d'un problème technique nouveau produit de la connaissance ;
• la complexité n'est pas un critère : un gros projet difficile n'est pas de la recherche pour autant ;
• apprendre une technologie n'est pas éligible ;
• le prototype ne suffit pas : il doit servir à valider un concept de recherche ;
• l'agilité non plus : des itérations qui corrigent des défauts ou atteignent des spécifications ne sont généralement pas de la R&D.

Côté calcul, l'article 244 quater B retient notamment les dépenses de personnel de recherche, majorées d'un forfait de fonctionnement de 40 %, et les travaux confiés à des organismes agréés dans la limite de 2 M€ par an (10 M€ sans lien de dépendance). Le doublement des dépenses liées aux jeunes docteurs ne concerne plus que les dépenses exposées avant le 15 février 2025, selon le guide.

Combiner CII, CIR et statut JEI

• CIR et CII sur un même projet : possible sur des phases distinctes. Le guide indique que des phases de R&D peuvent s'intercaler entre des activités d'innovation, par exemple quand l'innovation rencontre une incertitude technique. Une même dépense ne va jamais dans les deux bases.
• Avec le statut de jeune entreprise innovante : le ratio de 20 % de dépenses de recherche se calcule sur les dépenses du CIR, pas du CII. Notre article sur le statut JEI pour une startup logicielle détaille ce point.
• Avec des subventions : les aides publiques reçues pour les mêmes travaux sont déduites de la base de calcul.

Déclarer, se faire rembourser, sécuriser

Déclarer. Le CII et le CIR se déclarent sur le même formulaire 2069-A-SD, avec la liasse fiscale : pour une société à l'impôt sur les sociétés, au plus tard le 15 du quatrième mois suivant la clôture. Le crédit se calcule sur l'année civile, quelle que soit la date de clôture.

Être remboursé. Le crédit s'impute sur l'impôt dû ; le reliquat est reportable trois ans, puis remboursé. Selon la fiche service-public du CII, le remboursement immédiat est ouvert aux entreprises créées depuis moins de deux ans, aux jeunes entreprises innovantes et aux entreprises en procédure collective ou de conciliation ; il se demande par le formulaire 2573-SD (le guide du CIR le mentionne aussi). Pour une jeune société logicielle peu ou pas bénéficiaire, c'est souvent ce qui rend le crédit utile à la trésorerie. Les règles applicables aux autres PME se vérifient avec votre expert-comptable. Une demande de remboursement peut donner lieu à une vérification sur pièces.

Sécuriser. Le rescrit permet de demander à l'administration un avis sur l'éligibilité d'un projet, un projet par demande, au plus tard six mois avant la date limite de déclaration. L'administration répond sous trois mois ; à défaut, l'avis est réputé favorable. Pour le CII, elle consulte la DRIEETS sur le caractère innovant. Le rescrit valide le projet, pas les montants.

Être contrôlé. Le crédit peut être contrôlé dans les trois ans suivant le dépôt de la déclaration, avec l'appui d'experts du ministère chargé de la recherche pour le CIR ou de la DRIEETS pour le CII.

Ce qu'il faut documenter dès le premier jour

1. L'état de l'offre au démarrage : produits concurrents, leurs fonctionnalités et leurs limites, daté. C'est la référence de la nouveauté.
2. Les performances visées, mesurables : temps de traitement, nombre d'étapes pour l'utilisateur, fonctionnalité absente du marché.
3. Les temps passés par personne et par projet, tenus au fil de l'eau.
4. Les versions et les essais : ce qui a été tenté, mesuré, abandonné.
5. Les contrats et agréments des prestataires.
6. La date de mise sur le marché, qui ferme la phase de conception.

Reconstituer ces éléments après coup, au moment d'un contrôle, est beaucoup plus difficile que de les tenir pendant le projet.

Les erreurs fréquentes

• Utiliser le taux de 30 % pour le CII, abandonné depuis 2025.
• Déclarer une application interne comme un produit nouveau.
• Confondre nouveau pour nous et nouveau sur le marché.
• Compter la facture d'un prestataire non agréé.
• Déclarer les dépenses postérieures à la commercialisation du produit.
• Bâtir le budget sur le crédit avant d'avoir vérifié l'éligibilité, ou sans tenir compte du délai de remboursement.

Ce que cela change pour votre projet

Un crédit d'impôt arrive après la dépense, et seulement si le projet entre dans des cases strictes. Il améliore la rentabilité d'un vrai produit innovant ; il ne doit pas décider de l'architecture ni du calendrier. Commencez par valider que le produit répond à un besoin, avec un budget maîtrisé : notre article sur le coût de développement d'un SaaS donne les ordres de grandeur, et celui sur les différences entre prototype, maquette, MVP et POC aide à choisir la bonne étape.

Une précaution si vous faites développer : vérifiez avant de signer si votre prestataire est agréé, et qui détient les droits sur ce qui est produit, définis au cas par cas dans le contrat. Et si vous voulez juger le produit avant de bâtir un dossier fiscal, notre prototype gratuit, présenté en visio avant tout engagement, vous montre l'application avant que vous ne dépensiez quoi que ce soit.